益生菌并沒有特別明確的禁忌人群，因為益生菌是較安全的藥物，在一些健康食品中也會添加益生菌。無論是益生菌制劑，還是添加益生菌的營養粉、蛋白粉、酸奶，益生菌相對比較安全，即使作為藥物，副作用也較少。理論上過于危重的患者還是應該盡量避免使用益生菌，因為可能存在益生菌通過受損的黏膜屏障入血的問題。但是這些益生菌會不會引起細菌感染所導致的敗血癥類問題，目前也不明確，所以整體上益生菌比較安全。雖然益生菌能夠起到一定的調整腸道菌群、健康保健的作用，對于一些急性的腹瀉也確實有一定的這種治療的作用，但是也不能濫用。平時可以在喝酸奶或者吃蛋白粉、營養粉的時候添加益生菌，作為一種添加劑相對而言比較安全。如果存在腸道功能紊亂、腹瀉等癥狀，也可以用益生菌藥物進行治療。