食物不耐受是由食物特異性IgG抗體引起，食物特異性IgG抗原抗體免疫復合物在體內沉積，誘導產生一系列的慢性疾病和表現，如慢性腹瀉、皮疹、慢性咳嗽、關節炎、胸痛、疲勞等。正常情況下，當腸道和免疫系統都處于健康狀態下時，食物被消化為葡萄糖、氨基酸和脂肪酸，通過腸道內壁進行吸收，部分未消化的食物分子即使進入體內，也會被正常的免疫系統清除，不會引發癥狀。當腸道處于健康狀態，而免疫系統較弱時，部分未消化的食物進入腸道內壁激發產生抗體，形成抗原抗體復合物。通常巨噬細胞產生不足導致免疫系統薄弱，不能徹底清除抗原抗體復合物，在組織中沉積就會引起食物不耐受的臨床癥狀。當胃腸道處于滲漏狀態，且免疫系統超負荷時，腸道通透性會增加，導致更多未完全消化的食物分子進入血液，而免疫系統超負荷時，復合物無法被清除，沉積在組織中，會引發臨床癥狀，這就是食物不耐受的致病機制。