臨床上，復雜性肛瘺是肛瘺中的難點，如何確定肛瘺瘺管開口、走向、位置，是根治肛瘺的首要前提。建議術前進行盆腔肛周核磁檢查，了解支管數量、走向。手術中可選擇示蹤法，即通過從一條瘺管中注入亞甲藍染色，明確瘺管走向，沿染色瘺管尋找其它支管及內外口的開口位置。只有找出所有瘺管，將所有開口均治愈，方可達到根治性治療。