一旦患有肛瘺就必須手術治療，極少有患者能自愈。手術治療建議越早越好，其原因有這么幾點：1、肛瘺一旦形成就會反復出現急性炎癥改變，也就是反復形成膿，反復流膿、流血。在急性炎癥反復發作過程中，可能使簡單的肛瘺變成復雜的肛瘺，早期的肛瘺可能就一個瘺管。在反復的發生過程中可能形成多個側管，比如肛瘺形成后不及時治療，由原來的一個瘺管，可能有了很多側支，開了很多小房間。在手術治療主瘺管找到的同時，可能這些側管就很難發現，這是肛瘺手術治療復發高的主要原因；2、如果肛瘺不及時治療，會反復流膿、流血，內褲反復沾染膿血會不雅，還會刺激肛周皮膚，出現相應的刺激性皮炎、肛周濕疹的發生，或者是反復瘙癢癥狀的出現，都會導致患者的不舒服；3、如果再耽誤治療，據統計如果10年以上的肛瘺或者帶瘺的狀態，肛瘺可能會惡變。肛瘺惡變雖然非常罕見，但是也不是沒有。綜上所述，肛瘺一旦診斷明確，建議盡早、盡快治療。