肛瘺一旦確診需盡早手術治療，手術治療可減少局部反復化膿，防止形成復雜性肛瘺，減輕患者痛苦，使肛門功能不受影響，還可防止肛瘺癌變。 保守治療只能緩解癥狀，不能徹底治愈。肛瘺的傳統手術方式包括肛瘺切開術、肛瘺切除術、肛瘺掛線術，一般低位單純性肛瘺可采用肛瘺切開或肛瘺切除術； 高位肛瘺則需采用掛線術。目前新出現的治療肛瘺的辦法，包括括約肌間瘺管結扎術、肛瘺栓、纖維蛋白膠注射療法等，可不損傷肛門括約肌，但復發率較高，費用也較高。