引起蛀牙的主要因素是細菌，口腔中存在的細菌種類較多，數量也較多，例如溶血鏈球菌、乳酸桿菌，黏附牙面上形成菌斑，菌斑下會發生齲齒。當刷牙不徹底的時候，食物殘渣停留在牙面上，細菌就會利用食物殘渣發酵、產酸，細菌產生的酸直接溶解牙齒，造成牙齒硬組織脫鈣。同時細菌還會產生酶類，例如蛋白分解酶，分解牙釉質、牙本質中的有機物，造成有機物破壞分解，當牙釉之中的鈣丟失，同時有機物分解時，就會造成牙體組織缺損。因此，蛀牙的發生，主要是由于細菌利用食物，特別是碳水化合物，例如糖類、餅干、面包等，此類食物比較細、比較黏，更容易黏附在牙齒上，有利于菌斑形成。另外，碳酸飲料、碳酸氫飲料，例如可樂可破壞牙齒，引起牙齒組織脫鈣，造成牙齒缺損形成齲齒。