肛瘺可以保守治療，控制感染，減輕癥狀。手術治療目的在于清除感染肛腺，將瘺管以及感染異物清除，盡量保存括約肌和肛管直腸環完整性，減少肛門失禁等后遺癥產生。對于單純性肛瘺，肛瘺處于靜止期，肛口腫痛、流膿癥狀不明顯、不頻繁，或偶有肛門旁輕微腫痛不適，可以采用中藥熏洗、坐浴，以達到清熱解毒，緩解癥狀效果。 此外，應觀察肛瘺發展情況，如肛口腫痛反復發作，伴有流膿癥狀，影響日常工作、生活，并且肛瘺病史較長，建議患者盡早采取手術治療。手術是徹底治愈肛瘺的唯一方法，如果肛口腫痛、流膿反復發作，可能刺激肛門局部組織造成增生，長時間可導致惡變。