衣原體感染為一種特殊類型的感染，通常尿路系統或生殖系統感染是指細菌感染。如果出現衣原體感染是指細菌外的病原體感染，與細菌感染存在不同之處。衣原體感染類型可能也在泌尿系統或生殖系統中，但是治療、表現等可能會有不同。衣原體在生殖道發生感染，通常比在泌尿系統發生感染較為常見，可能會使用覆蓋衣原體類藥物，例如大環內酯類藥物等，針對性治療效果較好。在進行治療中，有時會讓患者進行病原學檢查，比如尿液或生殖道分泌物的衣原體培養。如果明確為衣原體感染，可進行針對性用藥治療。