肝內膽管結石會導致膽管炎癥、膽管內積膿及所在肝段破壞、增生，或者形成肉芽組織、瘢痕等，簡單講就是反復化膿、感染，反復再生。屬于一種反復不良刺激，導致部分患者發生膽管黏膜癌變，早期可能是一種不典型增生，后來可能就會變成癌，這種癌變早期沒有癥狀，在不知不覺中發生。就診時，主要表現為檢查發現肝臟變形、萎縮或者形成腫瘤樣腫塊。特別敏感的血液腫瘤指標叫CA199，會升高；還有膽管酶改變，比如堿性磷酸酶、γ-GT等膽管病變相關酶，或者膽道梗阻會升高的酶發生變化，提示已經發生癌變。 如果發生癌變，后果就非常差，到現在遇到類似病人，沒有一個能做手術，都很晚期，而且很多人都合并發生腹水，處于非常嚴重的、非常不良的狀態，沒有手術機會。反過來講，既然該病會引起癌變，所以要特別重視，要早期、有手術指征時做手術。當然如果單純肝內膽管結石，可以經常觀察，也不會導致不好的后果。