巧克力囊腫沒有辦法自愈，除非在罹患巧克力囊腫時已經接近圍絕經期，接下來在巧克力囊腫還沒有長得特別大，沒有發生自發性破潰，同時也沒有惡變的情況下發生自然性絕經。伴隨著卵巢分泌激素水平下降，卵巢的巧克力囊腫也將會逐漸地萎縮。實際上，巧克力囊腫更多發于生育年齡的女性，這是由于宮腔內在位的子宮內膜異位到卵巢，這時就會在卵巢周期性激素水平的刺激之下，發生剝脫性地出血。可是卵巢里的子宮內膜發生剝脫性出血，沒有孔隙可以流出。因此，只能夠積存在卵巢內部，隨著時間的延長積血越來越多，就會形成越來越大的巧克力囊腫。依靠自身沒有辦法讓巧克力囊腫自愈。臨床上確實有時發現巧克力囊腫的病人，可能間隔一段時間去做超聲檢查發現囊腫變小，過一段時間再去復查又會發現巧克力囊腫變大，這并不是巧克力囊腫發生自我愈合或者自我吸收。在生育年齡里，巧克力囊腫有可能會伴隨逐漸增長而發生破潰，部分巧克力液即陳舊積血流出，在超聲影像學上就能看到巧克力囊腫變小。隨著時間地延長，異位子宮內膜并沒有完全壞死，依然還會隨著每個月經周期周期性出血，接下來幾個月可能巧克力囊腫又會不斷長大。巧克力囊腫不斷破潰、出血、愈合，再一次長大、破潰、出血，反反復復就會導致卵巢與周圍的輸卵管、子宮后壁、直腸還有周圍的大網膜等造成越來越嚴重的粘連。建議巧克力囊腫的病人應當盡早給予手術治療，生育年齡的女性不僅僅要進行巧克力囊腫剝除，更重要的是要保護生育能力。同時在術后一定要加強管理，防止巧克力囊腫或者卵巢的子宮內膜異位癥在短時間之內復發。