巧克力囊腫通常不能自愈，因為巧克力囊腫是子宮內(nèi)膜異位到卵巢上，也稱為卵巢子宮內(nèi)膜異位癥。卵巢子宮內(nèi)膜異位癥會受每月雌激素和孕激素影響，從而出現(xiàn)周期性腹痛癥狀，且可能出現(xiàn)進行性加重。部分患者也可能多年變化不大，但總體呈現(xiàn)逐漸加重趨勢。當輕度或者子宮內(nèi)膜異位囊腫較小時，如囊腫直徑＜4cm時，可采用觀察治療，且部分患者也可受孕。但當囊腫直徑＞4cm時，則需要積極地尋求專科醫(yī)生幫助，進行手術(shù)治療。目前巧克力囊腫治療辦法，主要有藥物治療和手術(shù)治療。