卵巢巧克力囊腫可引起不孕，而且不孕與卵巢巧克力囊腫互為因果。臨床不孕癥患者多數存在子宮內膜異位癥，部分合并卵巢巧克力囊腫。 卵巢巧克力囊腫為子宮內膜生長至卵巢內，月經來潮卵巢異位內膜也會出血，久而久之，卵巢內積累較多巧克力樣液體。不僅囊腫逐漸增大，還可能造成周邊組織粘連，如輸卵管及周邊腹膜粘連，影響輸卵管蠕動。囊腫增大可能影響排卵，均為影響受孕的因素。