復雜性肛瘺手術一般采用靜脈麻醉即全麻。是較簡單的全麻，而不是插管全麻。此種麻醉最大的好處是能夠讓病人完全放松，而且自己完全沒有痛苦，肛門松弛的狀態也非常好，此時大夫就可以非常放松的檢查肛門，因為復雜性肛瘺管較多，各個支管、內口、外口等都能檢查得非常清楚。全麻狀態下肛門的松弛特別好，不像局麻或者腰椎麻醉有時也達不到此效果，而且全麻能使肛管整個下移。很多復雜性肛瘺是高位的，高位就希望他的肛管能夠下移，這樣手指就能到最高的管道位置。如果是局麻，病人的收縮能力很強、也會躲避，效果較差。所以對于復雜性的肛瘺，建議做全麻。