復雜性肛瘺為肛瘺中比較特殊、治療比較棘手的疾病。該病復雜性主要在于瘺管支管和開口數量較多，且分布范圍大于單純性低位肛瘺。所以，復雜性肛瘺的手術創面要比單純性的低位肛瘺涉及的范圍要大，且對肛門功能影響也會隨之增大。因此，臨床治療肛瘺過程中，需盡量保護肛門功能，避免患者因肛門功能較差影響正常生活，降低生活質量。