當肝功不正常時要分清病因，最常見因素是病毒感染，比如乙肝病毒導致的肝功能不好，指轉氨酶異常、膽紅素的異常、蛋白質的異常，監測乙肝病毒的HBV-DNA復制，根據病毒的復制情況、疾病狀況、臨床經驗進行相應治療。目前乙肝的治療中，常用藥物是干擾素類和核苷類似物。如果患者較年輕，單純轉氨酶升高，沒有黃疸，乙肝五項檢查1、3、5陽性，考慮干擾素短期治療。如果病情偏重，慢性肝病重度或者肝硬化，甚至更嚴重的情況，建議服用核苷類似物，目前國內外指南推薦恩替卡韋、替諾福韋酯、富馬酸丙酚替諾福韋酯，是初始治療，在治療當中監測肝功的復診情況以及病毒抑制情況。