中醫治療肛瘺有非常悠久歷史，例如明代出現中醫掛線療法目前已經成為國際上治療高位復雜性肛瘺一個標準方法。中醫治療肛瘺包括內治法、外治法兩類，臨床上一般以外治法為主，內治法多用于手術前后，內治法主要是指口服中藥治療，外治法是以手術為主，例如在肛瘺初期或急性發作期，即肛瘺手術前采用中藥口服，例如中藥如意金黃散外敷及中藥止痛如神湯坐浴，通過清熱解毒、消腫止痛可以緩解肛瘺癥狀，控制肛瘺病情發展。 肛瘺手術時較常用中醫手術療法有掛線療法和切開療法，還有切開掛線療法相結合三種方法。低位肛瘺一般采用切開療法，將肛瘺瘺管全部切開，同時將瘺管周圍疤痕組織或纖維化組織進行適當修剪，從而達到引流通暢，創面才能逐漸愈合。手術成敗關鍵在于手術過程能否正確地找到內口，并且將內口切除或切開，否則創面無法愈合，即使暫時愈合時間一長可以復發，高位單純性肛瘺一般采用掛線療法，高位復雜性肛瘺一般采用切開和掛線相結合方法。肛瘺術后往往大便后中藥坐浴，肛門創面應用祛腐生肌中藥膏外敷，例如九華膏。目前中醫治療肛瘺已經成為肛瘺主要治療手段。