橋本甲狀腺炎屬于一種自身免疫性甲狀腺炎，在實驗室檢查中可以看到自身免疫性抗體升高。 橋本甲狀腺炎一般可以出現兩種自身免疫性抗體升高，分別為TPOAb抗過氧化物酶自身抗體以及TGAb甲狀腺球蛋白抗體。此類抗體增加可以使體內免疫系統攻擊自身甲狀腺組織，從而引起甲狀腺組織破壞，誘發橋本甲狀腺炎。橋本甲狀腺炎可以對應三種甲狀腺功能狀態，包括甲狀腺功能增高、正常及減退。