膽囊結石的成因實際上是非常復雜的過程，實際上真正原因沒有研究清楚。事實上膽石的成因可能與膽固醇與膽汁酸的磷脂比例濃度失調有一定關系，還有部分原因可能跟膽囊內膽汁淤積有一定關系。膽石成因如在不同地區，如某些地區相對可能飲食條件比較好，而高脂飲食病人可能膽石發病率就會高一些。如有一些疾病，如做過胃大切的病人，或做胃腸吻合的病人，這類病人膽石的發病率要增高。長期不吃早飯會引起膽囊結石的產生。膽石的成因就是膽汁淤積因素導致膽石的形成，不吃早飯膽囊內儲存的大量濃縮膽汁無法排放到腸道中去，所以膽汁濃度過高會析出膽固醇結晶，會導致膽固醇結石的形成。當然膽石的成因還有一部分跟膽道感染相關，這類結石多數是膽色素結石，而不是膽固醇結石。