胃腸道間質瘤伊馬替尼耐藥，分為原發性耐藥和繼發性耐藥，耐藥后的治療方式也不盡相同。主要措施如下：1、阿伐替尼治療：晚期不可切除或者轉移性的胃腸道間質瘤患者中，大約有5%-6%對伊馬替尼，和其他的TKI藥物出現原發性的耐藥。原發性耐藥是指接受藥物治療以后短時間內，一般6個月以內發生腫瘤的進展。伊馬替尼原發性耐藥，最主要是因為PDGFRα的D842V突變，目前阿伐替尼是這部分患者很好的治療選擇；2、舒尼替尼、瑞戈非尼治療：目前國內外指南均推薦伊馬替尼，作為胃腸道間質瘤的一線治療用藥，但半數以上的患者在伊馬替尼的治療過程中，2年后可能就會出現繼發性耐藥。繼發性耐藥即是用藥以后，獲得腫瘤的緩解或者穩定以后，隨著治療時間的延長再次出現腫瘤進展。這時應該遵從醫囑，按照治療的原則進行手術，或者是二線以及二線以上靶向藥物治療，得到更好的預后延長患者的生命周期。目前伊馬替尼耐藥以后，二線治療推薦的是采用舒尼替尼，三線治療是采用瑞戈非尼治療。但是在臨床上其實這兩種藥療效相對比較有限，而且由于不良反應的問題，很多時候需要根據患者的具體情況，進行藥物劑量的調節，這種情況下可能有的患者，難以能夠達到非常標準的治療；3、瑞派替尼治療：根據2022年《CSCO胃腸間質瘤診療指南》推薦，伊馬替尼耐藥以后患者也可以接受瑞派替尼的治療，其安全性和毒副作用可能相對更好。