慢性咽炎病程較長，可以遷延數月、幾年，甚至更長時間。慢性咽炎開始為急性咽炎，身體抵抗力較低時由于細菌或者病毒感染，引起上呼吸道感染，波及到咽腔黏膜，從而出現急性咽炎，包括咽痛、咽干、吞咽疼痛，并且伴有全身癥狀，比如發燒等。治療時可能控制住全身癥狀，但嗓子癥狀未完全控制，沒有徹底治愈，從而導致炎癥慢性發作。胃食道反流的患者由于胃酸反流，造成咽喉部黏膜出現炎癥。如果胃食道反流不控制，慢性咽炎的癥狀也不易徹底治愈。