慢性胃腸炎往往分為慢性胃炎和慢性腸炎，慢性胃炎主要是通過胃鏡的診斷，胃鏡分為無痛胃鏡和普通的胃鏡，普通胃鏡做的時候稍微有點不適感，有惡心嘔吐的癥狀，有心理障礙的患者可以選擇無痛的胃鏡，當然無痛胃鏡是禁用于一些嚴重的心腦血管疾病和孕婦患者。慢性腸炎可以做腸鏡，可以查大便的常規和隱血，甚至于可以查大便內是否有寄生蟲。一些老年患者，不適合做胃鏡的時候可以選擇上消化道鋇餐或者是碘水造影，慢性腸炎不適合做腸鏡的患者，也可以選擇鋇劑灌腸檢查，甚至于做CT。