慢性胃腸炎的癥狀基本不太典型，最常見的包括反酸、惡心、噯氣、腹痛、腹脹、腹瀉等。慢性胃腸炎癥又稱功能性胃腸病，在胃鏡、腸鏡檢查后，沒有非常特異的表現，只在內鏡下表現為慢性胃炎，腸鏡可能有輕微糜爛、輕微炎癥甚至腸鏡可能沒有任何異常，但患者確實有胃或腸道癥狀，有時可能大便次數增多或便秘。排除各種器質性病變后，就可診斷為慢性胃腸炎癥，此時主要為對癥治療，如果患者有心因性因素，建議患者適當放松，必要時可服用鎮靜、催眠藥物。建議在診斷前去變態反應科做相關的食物等過敏原檢測，排除過敏性因素引起的癥狀。