急性胃腸炎和慢性胃腸炎的最核心的區別是發病時間不同，一般認為1-2個月之內的胃腸炎，如腹痛、反酸、燒心、腹瀉等，認為是急性胃腸炎，超過2個月，如果出現腹瀉、大便次數增多、腹痛、惡心，甚至嘔吐等，認為是慢性胃腸炎。在給患者診斷胃腸炎，特別是慢性胃腸炎時，需要排除某些疾病，如潰瘍性結腸炎，患者在半年內沒有經過詳細檢查，如結腸鏡、大便培養等，容易誤診為慢性結腸炎，這時需要做相關檢查。有時不僅僅是急性或慢性胃腸炎，還有可能是比較重要的疾病，如潰瘍性結腸炎，甚至結腸癌等，雖然急性胃腸炎和慢性結腸炎主要是時間差別，但需要進行相關檢查，排除疾病。