肛瘺不治療，會有以下兩種情況：1、肛瘺持續存在：肛瘺無法治愈，會一直存在；2、肛周膿腫：經常發生肛周膿腫，發炎、紅腫，甚至流膿，因為肛瘺主要是肛門內的黏膜破潰，直腸里面的內容物通過破潰的破口，穿透脂肪組織達到皮下引起潛在瘺管，在瘺管經常可能會有大便或者臟東西流到里面，如果有細菌感染，可能就會發生肛周膿腫。肛周膿腫發生以后，通過外管膿液排出去以后膿腫會好，但肛瘺會繼續存在，時間久后形成比較難以愈合的肛瘺。所以不通過手術治療不可能達到完全治愈，所以肛瘺時間久必須采取手術治療。肛瘺的瘺管要完整切除，包括內口和外口都要切除，切除以后不能縫合，要把傷口敞開，肉芽組織從傷口底部逐漸長到皮膚，才可能不形成新肛瘺。