復雜性肛瘺管道多、外口多，與普通肛瘺相比較好診斷。如果只存在一個瘺管，在沒有外口時，這時自己診斷很難，只有通過專業醫生來進行指診、叩診、B超檢查，才可診斷出來。復雜性肛瘺，首先做指診，明確有幾個包塊，再視診明確下它有幾個外口。另外做叩的檢查，明確它有幾個硬結。內口一般都在齒線位置，再明確內口有幾個凹陷?，F在還有輔助的檢查方法即B超檢查，但是也只能作為參考，最主要還是靠手指檢查，手指檢查是非常準確的。B超檢查有些瘺管是能夠看得很清楚的，但有些較隱蔽的硬結、瘺管，也不見得能查得很清楚，需根據B超師的經驗。所以B超只是參考，檢查的方法主要是靠大夫的手，食指、拇指指診、叩診等等。