復雜性肛瘺如果一次治愈，一般就不會復發，但有可能再生。因為肛門的一周肛竇有六七個即一圈的肛竇，再復雜的肛瘺也不可能將所有的肛竇都涉及到，一般只涉及到一部分，兩個、三個、甚至四個都有可能。這時把四個肛竇都治療好以后，但還剩了兩三個肛竇，有可能會再感染，再形成肛周膿腫和肛瘺。當然這種機會非常小，但不能夠100%的說不再發生肛瘺和肛周膿腫，因為人的肛門總是要用。當身體的抵抗力低，細菌的感染隨時有可能再發生，所以是可能會再次發生肛瘺或者肛周膿腫，因此不叫復發。復發是指復雜性肛瘺當時沒有完全清理干凈。比如有七個瘺管，只清理了五個或者四個，沒有徹底治愈，就有可能會復發，這種情況稱為復發，為兩種不同的情況。