確診為胃腸道間質瘤的患者，可通過CT及超聲內鏡進行術前分期；局限性的胃腸道間質瘤患者，可進行手術治療，包括內鏡手術、傳統的開刀手術及腹腔鏡的手術；不能切除的患者可在術前通過藥物治療縮小腫瘤，降低手術難度，降低手術中胃腸道間質瘤破裂的風險，以進一步降低術后復發以及轉移的可能性；切除風險較大或嚴重影響臟器功能的患者，多通過術前藥物治療，對腫瘤進行降期，以獲得較好的治療效果。