胃腸道間質瘤的手術時間不能一概而論，其生長部位比較多變，可長在胃、小腸、結直腸，甚至長在腹腔、胰腺等。根據腫瘤不同的生長部位以及腫瘤的大小，結合患者的一般情況，是否有其它合并癥，以及患者既往是否有腹部手術史等，手術時間的長短無法明確。 簡單的手術，可能半個小時即可完成腫瘤切除和消化道重建，但是比較復雜的手術，不光要做腫瘤切除，還要實施聯合臟器的切除，完成消化道重建，手術時間就會非常長。所以間質瘤手術時間要根據不同的手術構成，以及患者的相關因素決定。