胃腸道間質瘤手術適應癥有六點，如下： 1、間質瘤，瘤體＜2cm可以隨訪觀察； 2、＞2cm的胃腸間質瘤，影像學判斷可以做R0切除，或者通過伊馬替尼輔助治療之后可以做R0切除； 3、食道、結直腸、小腸間質瘤，如果是局限性的應該手術治療； 4、可切除的、晚期、孤立的胃腸間質瘤轉移病灶； 5、不可切除的胃腸道原發或者轉移、復發的病灶，在伊馬替尼輔助治療最大反應之后盡量做病灶的部分或者全部切除； 6、胃腸間質瘤如果伴有出血、穿孔、梗阻的情況，應該積極進行手術治療。