胃腸道間質瘤一般瘤體較大，手術原則要求完整切除，取出標本。這種情況一般不采用腔鏡內手術，應采用傳統的開腹手術，手術的原則應將瘤體徹底切除，瘤體與周圍組織相粘連，或者已穿透周圍器官時，應將粘連及鄰近的器官一并切除。一般不必要進行廣泛的淋巴結清掃，如侵及鄰近器官需進行姑息性切除的，或者術中冰凍病理顯示切緣陽性的，可給伊馬替尼控制術后的復發率，以改善預后。一般完全切除的病例，術后的復發明顯高于部分切除的病例。另外術前要與患者進行良好的溝通，因為胃腸間質瘤有相當的病例對鄰近器官有侵襲，可能要進行相應的器官切除。