咖啡因對胃有一定損傷，胃部黏膜有自身保護機制，可分泌胃液中和胃酸，或抵抗對胃的刺激。對于多數健康、沒有胃病的人群，飲用咖啡沒有問題。如果有胃部疾病，如糜爛性胃炎、潰瘍等，此時攝入咖啡因，可能刺激胃酸進一步分泌，從而加重對胃黏膜的損傷，進一步加重反酸、燒心或上腹疼的癥狀。咖啡因可以興奮神經，即具有提神作用，但部分人進食后，可出現心跳加快甚至手抖。如果出現此類癥狀，應減少攝入咖啡或停止食用。