細菌感染性胃腸炎需要進行抗菌治療，在此種情況下進行抗菌治療存在較明確的用藥指南，細菌性胃腸炎最常見原因，比如沙門氏菌感染或者大腸桿菌感染等，此時可以使用較常用的藥物，比如喹諾酮類的氟哌酸、左氧氟沙星、莫西沙星等，也可以選擇氨基糖苷類藥物，比如慶大霉素，還可以服用甲硝唑等。但是需要注意，喹諾酮類抗菌素，由于其能夠影響骨質代謝，在說明書里不建議18歲以下年輕人或者兒童服用，在服用喹諾酮類藥物時需要注意。另外，對于細菌性感染胃腸炎，除可以服用抗菌素外，還需要給予對癥處理。如果腹瀉次數較多，需要避免出現電解質紊亂或者脫水情況，此時需要盡可能多飲水，適當補充礦物質、電解質等。還可以服用促進黏膜修復、止瀉等藥物緩解癥狀，常用比如蒙脫石散，為較好選擇。