結腸鏡檢查的并發癥，在書本上寫的是出血、穿孔、感染等。實際上，隨著醫療器械即結腸鏡的進步，過去是纖維內鏡，現在是電子內鏡，鏡子都很細、很柔軟。隨著檢查技術的進步，比如在過去結腸鏡檢查時間比較長，但現在的檢查非常快速，醫生都非常熟練，并發癥出現的幾率都非常低，可以放心，結腸鏡檢查是非常安全的檢查方法。教科書上過去對于結腸、直腸的病變，放射線是首選方法；目前已經把電子結腸鏡檢查作為首選的結腸癌或直腸癌檢查辦法，所以它是非常安全的檢查。另外，如果患者對檢查比較恐懼，還可以選擇無痛麻醉下做結腸鏡檢查，患者只需要到醫院睡一覺，即可安全舒適地做完結腸鏡檢查。