生育年齡的女性若患卵巢巧克力囊腫，絕大部分女性在不干預的情況下，卵巢巧克力囊腫不會縮小，因為卵巢囊腫是子宮內膜異位癥的臨床表現。但若女性進行干預或進入絕經期，巧克力囊腫可能縮小，具體如下：1、卵巢巧克力囊腫可能不會縮小：在卵巢周期性分泌雌激素和孕激素的刺激下，子宮內膜發生周期性變化，從而引起子宮內膜脫落，導致出血、來月經；而異位在卵巢局部的少量子宮內膜也會發生周期性變化，也會出現出血的現象。因此，巧克力囊腫只會逐漸增大，不會縮小；2、卵巢巧克力囊腫可能會縮小：若女性在臨床用藥的基礎上，比如肌肉注射鹽酸曲普瑞林，可使子宮內膜萎縮，不再來月經。此時局部的巧克力囊腫不再增大，也有可能會在原來的基礎上有所縮小。此外，若女性病人已經進入絕經期，此時卵巢功能衰退，不再分泌雌激素和孕激素。女性的子宮內膜不會發生變化，巧克力囊腫內的異位子宮內膜也不再發生周期性變化、不再出血。有一部分組織會被機化、吸收，此時卵巢巧克力囊腫可能會縮小。