一旦得了卵巢巧克力囊腫，治療原則或根本目的是縮小或去除病灶，減輕和控制疼痛，治療以及促進生育，預防以及減少復發。根據患者的年齡、癥狀、癥狀輕重以及有無生育要求、病變范圍等等制定個體化的治療方案，可以采用期待治療和藥物治療。藥物治療包括避孕藥，長期服用會出現人工閉經，即呈現一個假孕的療法，還有孕激素療法、受體拮抗劑的療法以及孕三烯酮、丹那唑、促性腺激素激動劑和手術治療。目前腹腔鏡是治療卵巢巧克力囊腫的首選，因為腹腔鏡手術屬于微創手術，因此深受廣大患者和醫師的喜愛。手術可分為保留生育功能手術、保留卵巢功能手術以及根治性手術，臨床上常常采用手術與藥物聯合的方法來提高療效，以防止或推遲復發。巧克力囊腫有惡變的可能，需要密切隨訪，觀察囊腫的生長速度、臨床癥狀的變化，結合B超及腫瘤標記物的檢查是非常重要的。