由于卵巢巧克力的囊腫手術，本身不可避免造成部分卵巢組織的損失，同時因為病灶本身對于卵巢的破壞會造成手術后卵巢功能的部分下降，故而在手術前，通常建議對患者原有卵巢功能進行一些評估。比如通過B超進行雙側卵巢下的竇卵泡數目的檢測，患者的年齡、基礎情況下的內分泌檢查以及AMH血清學的改變。如果對于年齡大、卵巢功能差，已經做過一次卵巢巧克力囊腫手術的人群，又再度復發的這部分患者，一般不主張考慮手術。但是如果對于卵巢功能好、年輕、既往未進行手術治療，又或者巧克力囊腫體積過大，超過4公分且懷疑有惡變可能，均要進行手術治療。