如果是較小的卵巢巧克力囊腫或者患者沒有癥狀，則可以進行觀察，不一定需要處理。如果出現痛經癥狀，可以給予止痛等對癥處理。如果是體積比較大，直徑超過5cm的囊腫，伴有繼發性痛經，癥狀比較嚴重，需要給予手術。 如果不能明確一定是巧克力囊腫，不能明確它的性質，也需要給予手術治療。手術方法是個體化的治療，即需要根據患者的具體情況選擇，可以行囊腫剝除、保留卵巢。如果是年齡大、沒有生育要求的女性，囊腫體積比較大，可以行卵巢切除。 卵巢巧克力囊腫，在醫學上被稱為子宮內膜囊腫，是子宮內膜異位到卵巢形成的囊腫，因為囊液呈暗褐色、黏稠狀，類似于巧克力，因此俗稱為巧克力囊腫。卵巢巧克力囊腫有可能存在癥狀，比如繼發性痛經，或者月經失調、不孕癥等。