巧克力囊腫一般是指卵巢巧克力囊腫，可不可以慢跑主要與囊腫直徑有關。具體如下：1、可以慢跑：卵巢巧克力囊腫如果直徑沒有>4cm，平時沒有出現局部的疼痛癥狀的情況下，可以考慮慢跑，對其囊腫本身不會造成影響；2、不可以慢跑：卵巢巧克力囊腫如果直徑>4cm，具有一定重量，在跑步過程中可能會導致囊腫蒂部出現扭轉的現象，會引起病人出現突然下腹部劇烈的疼痛，并且伴有大汗或者出現血壓降低的現象。另外，還會出現惡心、嘔吐等臨床癥狀，需要急診手術進行治療。卵巢巧克力囊腫要注意定期復查，如果沒有手術指征可以考慮保守治療，如唯散寧(地諾孕素片)、鹽酸曲普瑞林等，都能達到很好的控制囊腫增大的效果。如果有手術指征建議積極手術治療，否則隨著囊腫的增大、局部壓力增高，有可能會導致囊腫破裂，造成嚴重的臨床后果。