大多數藥物不可以與酸奶共同服用，最少需間隔1-2個小時，因為藥物成分有可能與酸奶中微量元素發生反應，從而影響藥效。部分藥物可與酸奶中蛋白質發生反應，導致蛋白質變性，不僅可降低和破壞藥效，還會破壞酸奶中營養成分。此外，如果服用抗帕金森藥物時攝入大量蛋白質，可影響藥物吸收，導致在治療疾病過程中出現不良反應。部分活菌制劑，如枯草桿菌二聯活菌制劑，本身屬于活菌成分，可以與酸奶或牛奶共同服用。但用藥時應仔細閱讀說明書，遵醫囑用藥。