顧名思義，無痛胃腸鏡沒有痛苦，是相對較舒服的檢查。無痛胃腸鏡，即在靜脈麻醉的情況下，經過評估能夠耐受麻醉，其風險較小。在注射麻藥之后，可以在睡著的狀態下進行胃腸鏡檢查。在檢查結束之后，患者蘇醒。普通的胃腸鏡檢查可能存在不適感，比如胃鏡通過咽部的時候，會有惡心的感覺。因為要往胃腔內打氣，所以有時可能覺得腹脹。在做腸鏡檢查的時候，因為脹氣或鏡子在腸腔內拐彎，可能覺得有腹脹、牽扯的不舒服的感覺，或是疼痛的感覺，但是多數人都可以耐受普通胃腸鏡。