無論對于男性或女性，腎積水常見的原因是泌尿系統存在梗阻，梗阻可發生在輸尿管、膀胱以及尿道。對于單腎積水患者，梗阻部位常見于輸尿管梗阻，常見病因包括輸尿管結石、輸尿管炎癥狹窄、輸尿管腫瘤，以及外在因素壓迫輸尿管所導致。對于雙腎積水患者，梗阻可發生在雙側輸尿管同時病變，也可發生在膀胱和尿道。男性患者常見的原因是前列腺增生，導致膀胱無法排空，最終造成雙腎積水。女性患者常見部位是膀胱頸部梗阻，導致膀胱無法排空，最終致雙腎積水。男性女性均具有的疾病，包括尿道狹窄，導致膀胱無法排空，致雙腎同時發生積水。