無論男性或女性，腎積水常見的原因在于泌尿系統存在梗阻，可發生在輸尿管、膀胱以及尿道，主要取決于患者積水的表現。對于單腎積水患者，梗阻部位常見于輸尿管，梗阻原因可以是輸尿管結石、輸尿管炎癥狹窄、輸尿管腫瘤，也可以是外部器官或者外來因素壓迫輸尿管所導致。對于雙腎同時出現積水的患者，可由于雙側輸尿管同時發生病變所導致，還可由于膀胱或尿道存在梗阻所導致。對于男性，特別是中老年男性，常見原因主要是前列腺增生導致膀胱無法完全排空，從而造成雙腎積水。對于女性，常見的原因在于膀胱頸部梗阻，同樣使膀胱無法排空而造成雙腎積水。男性和女性同時存在疾病是尿道狹窄，在尿道某個部位存在狹窄，均可導致膀胱無法完全排空而造成雙腎積水。