上呼吸道感染可由細菌引起，也可由病毒引起。引起上呼吸道感染的病毒有200多種，引起上呼吸道感染的常見病毒包括有鼻病毒、冠狀病毒，腺病毒、流感和副流感病毒、呼吸道合胞病毒、柯薩奇病毒等。上呼吸道感染有70%-80%是由病毒感染引起，20%-30%是由細菌感染引起。細菌感染可以單獨發生，也可以繼發于病毒感染，也就是在病毒感染之后發生。引起上呼吸道細菌感染的細菌主要是口腔定植的溶血性鏈球菌，其次為流感嗜血桿菌、肺炎鏈球菌、葡萄球菌等。在上呼吸道感染時，應仔細分辨，根據臨床表現、體征以及實驗室檢查進行相關鑒別。有細菌感染存在時，可應用抗生素進行治療。