月經周期失眠，是由于激素水平變化引起睡眠中樞調節異常，導致的一種現象。月經來潮期間，由于雌激素從比較高濃度的狀態，快速向比較低濃度水平下降，而使得內分泌環境變化，導致大腦調節中樞改變。人類睡眠是主動過程，主要受睡眠中樞調節，有睡眠意識或者睡眠狀態。由于神經變化和睡眠周期改變，使睡眠中樞有向上傳導到大腦皮層的上行抑制系統，上行抑制系統活躍使感覺和運動處在抑制的狀態，則進入到睡眠。人的神經系統存在上行抑制系統和上行激動系統，會調節睡眠和覺醒，使清醒以及睡眠相互轉化。當大腦皮層活動，實際上是由腦深部的神經元控制，神經元類似于調節中樞和開關，控制大腦皮層的興奮和感知睡眠，興奮和感知睡眠與內分泌環境有重要關系，因為雌激素參與人體自主神經活動。由于月經期間雌激素水平快速變化，會使在月經周期中，上行抑制系統受到抑制，而上行激動系統被異常活躍，月經周期嚴重失眠會影響健康。在這時候，要學會調節生活節奏、調節心態 ，必要的時候可以用類似于安定類的催眠、助眠藥物，改善睡眠。