多數普通腦炎患兒無后遺癥，部分患兒可能有以下情況： 1、腦炎患兒常見后遺癥有頭暈、頭痛、感覺困、容易疲憊，癥狀可持續數月，部分患兒可持續幾年； 2、特殊腦炎，如單純皰疹病毒性腦炎也可引起癲癇，此時癲癇發作治療較困難； 3、部分腦炎如流腦患者可留有腦積水，若患兒腦組織壞死較多、液化，可導致肢體癱瘓，嚴重患兒可出現失明、耳聾、無法正常說話、影響智力、學習困難，甚至行為、精神改變。