生蠔中有很多的寄生蟲，可以分為寄生在生蠔體內對人體沒有損害的寄生蟲，以及寄生在生蠔體內，食用后會對人體造成損害的寄生蟲。重要的寄生蟲為泥泡蠕蟲，可寄生在生蠔體內，當食用未煮熟的生蠔或未加工好的生蠔時，泥泡蠕蟲可在人體的腸道內對腸道造成損害。生蠔體內除存在寄生蟲外，還有很多的病原體，如病毒、細菌等。在食用生蠔時一定要把好食品安全關，可以選擇蒸、煮，或燒烤時間稍長，將生蠔體內的寄生蟲完全去除，才可安全食用生蠔。在食用生蠔時，不要認為白酒、白醋或食用的調味品可以幫助殺滅寄生蟲，有研究表明，所有的調味料均不能殺滅生蠔中的寄生蟲，所以延長加熱時間、選擇安全的進食方式，是去除生蠔寄生蟲的有效選擇。