藥物治療對肛瘺無效，也就是肛瘺沒有辦法用藥物進行有效的治療。肛瘺必須做手術，且越早越好，不能無限拖延手術治療。肛瘺的主要表現就是反復的外口或內口流膿血，每次流膿血都是一次嚴重發作，這種發作有可能使肛瘺變得更加復雜。原本的肛瘺可能是一個簡單的瘺管，一個內口一個外口，反復流膿后可能形成多個瘺管，多個瘺口，使肛瘺變得更加復雜。復雜肛瘺治療起來變得非常束手束腳，有可能會將這些側支瘺管或其他瘺口遺留，這是造成肛瘺容易復發的主要因素。為了降低這些側管和其他瘺口的形成，一旦確診肛瘺就應該盡早手術。