肛瘺的治療需要根據肛瘺的不同類型進行，肛瘺的治療原則是手術，僅保守治療無法治愈，對于肛瘺一定要進行手術治療，好得快，否則無法根除。肛瘺又分為高位肛瘺和低位肛瘺，根據內口和瘺管位置的不同又分為不同的類型。一般高位肛瘺要進行掛線處理，以免引起括約肌離斷導致大便失禁的發生。對于低位肛瘺，一般可以進行瘺管切開或進行瘺管的切除，此時需要通過術前彩超或者核磁共振進行輔助檢查，判斷瘺管的位置，以決定手術方式。 肛瘺的治療要到正規機構進行，以免延誤病情。肛瘺的愈合快慢與術后管理也密切相關，一定要注意術后養成好的飲食習慣、排便習慣，在肛瘺完全愈合之前一定要保持創面清潔，避免外面的皮膚已經愈合，而其中的內腔還沒有愈合，最后導致日后肛瘺的復發。