慢跑膝蓋疼的原因主要包括以下幾種：1、膝關節半月板損傷：由于半月板位于膝關節，起到負重、支撐及穩定的作用，位于股骨與脛骨間，所以在外力作用或慢性疲勞狀態下易造成局部損傷。當半月板損傷后，患者可能會出現局部彈響，嚴重時可能會出現交鎖，通過活動膝關節才能使交鎖逐漸解除，部分患者還可能出現腿發軟的情況；2、髕骨軟化：由于髕骨與股骨間的關節面均為軟骨關節面，若長距離行走或慢跑，則會造成髕骨磨損，出現軟化、脫落而引起無菌性炎癥，也會導致患者出現膝蓋疼痛；3、滑膜炎癥：滑膜組織在高強度活動的作用下，會出現局部的無菌性炎癥、肥厚、增生、滲出，從而引起局部疼痛；4、骨性關節炎：多見于年紀較大或活動量較大的患者，軟骨大量磨損導致軟骨下骨向外增生而形成骨刺，引起膝蓋疼痛；5、韌帶損傷：膝關節的前后交叉韌帶或內外側韌帶損傷，也會導致患者出現膝蓋疼痛。