胃腸道間質瘤是目前可應用靶向治療，效果較好。胃腸道間質瘤經過切除標本或胃鏡取活檢的基因檢測后，可出現名為CD117的指標，該指標陽性或該靶點可以應用靶向藥物時，說明患者應用靶向藥物治療可以取得相對比較好的效果，即患者對靶向藥敏感。所以基因檢測的方法對于指導間質瘤的靶向藥物治療非常重要。 基因檢測時看到每個基因的靶點，尤其是第9、第11外顯子陽性時，首先預示患者復發轉移風險相對較大，另外根據基因檢測結果，醫生可有更多的靶向藥進行選擇，如CD117陽性時，可以應用伊馬替尼等靶向藥物治療。